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TripleTOF 6600系統做了如下改進：(1)增強的檢測器技術使得線性動態范圍達到了5個數量級，更多低豐度蛋白質和肽段可以檢測到;

(2)Q1母離子選擇的質荷比從1250提升至2250，可覆蓋更多高質荷比的化合物;

(3)圖譜采集速度提高，每個SWATH循環跨越可變窗口，使得更多肽段和蛋白質得以定量;

(4)調整了TOF設計，溫度控制，提高了質量準確度和穩定性;

(5)采用動態累積時間功能提高二級譜圖的質量。 　　

而SWATH 2.0采集技術是此次推出蛋白質組學平臺中的一大亮點。2012年，AB SCIEX在當年的ASMS上推出采用SWATH采集技術TripleTOF 5600系統。SWATH采集技術是AB SCIEX與蘇黎世聯邦理工學院Ruedi Aebersold教授研究小組共同開發，并將其產業化，目前，該項采集技術只能在AB SCIEX TripleTOF 5600、6600系統上運行。據介紹，相比于目前流行的質譜數據依賴采集法(DDA)及靶向蛋白質組學策略(MRM)，SWATH的數據非依賴采集法(DIA)可以定量分析數以千計的蛋白，從而完成對大樣品量的數據分析，同時定量的數據具有非常高的完整和重現性。這種高質量的定量數據過去只能利用被視為定量“黃金標準"的MRM方法獲取，但其定量的蛋白數量非常有限，只能獲得低水平蛋白的分析。 　　

相比與上一代SWATH采集技術，SWATH 2.0提供了可變窗口，TripleTOF 6600系統每個SWATH采集循環高可以實現200個采集窗口速度，在前體粒子密集時使用，增強選擇性，低可達2Da的質量數窗口;在前體粒子密度較低時使用，以確保覆蓋前體離子。